1. Fisiopatologia e diagnóstico das doenças: Esta linha é caracterizada pela pesquisa básica e clínica da fisiopatologia e do diagnóstico de doenças humanas. Envolve a investigação de eventos sistêmicos, celulares e moleculares com enfoque em doenças infecciosas e crônicas não transmissíveis, utilizando modelos experimentais e estudos clínicos.
  2. Prevenção e terapias das doenças: Esta linha é caracterizada pela investigação de efeitos de diferentes estratégias de prevenção e de intervenções terapêuticas em doenças humanas. Envolve a investigação da efetividade e de mecanismos de ação de diferentes estratégias farmacológicas e não farmacológicas com enfoque na prevenção e tratamento de doenças infecciosas e crônicas não transmissíveis.